Phiên bản phim đồ họa lấy bối cảnh hai năm sau sự kiện trong Final Fantasy VII tại thành phố Edge. Cloud Strife thì làm nghề chuyển phát còn Tifa Lockhart thì lo chăm sóc hai đứa trẻ, trong đó có con gái nuôi của Barret gửi nhờ. Một căn bệnh lạ được gọi là “Geostigma” ập xuống thành phố và Cloud được triệu tập để tìm ra nguyên nhân gây bệnh.